Ngày 21/10/2013, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Đinh La Thăng đã ban hành Quyết định số 3287/QĐ-BGTVT về việc thành lập Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy. Theo đó, thành lập Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy trên cơ sở tổ chức lại công ty mẹ và một số đơn vị thành viên của Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam. Tổng công ty Công nghiệp tàu thủy hoạt động theo mô hình công ty mẹ-công ty con. Cũng theo Quyết định, 69 đơn vị thuộc Tập đoàn Công nghiệp tàu thủy Việt Nam sẽ thực hiện cổ phần hóa, bán, chuyển nhượng vốn, chuyển giao, sáp nhập; 156 doanh nghiệp thực hiện bán, giải thể, phá sản.