Nghị định số 48/2011/NĐ-CP có 05 chương và 42 điều (tăng thêm 12 điều so với Nghị định 62/2006/NĐ-CP) quy định về mức xử phạt đối với một số hành vi vi phạm hành chính của tàu thuyền theo dung tích của tàu theo các mức dưới 500 GT, từ 500 GT đến dưới 3.000 GT và từ 3.000 GT trở lên. Đây là một khác biệt so với Nghị định 62/2006/NĐ-CP quy định xử phạt đối với một số hành vi VPHC không chia theo tổng dung tích hoặc trọng tải của tàu. Nghị định 48/2011/NĐ-CP cũng quy định rõ việc xử phạt đối với hành vi chở người hoặc chở hàng vượt quá số lượng hoặc trọng tải cho phép, cụ thể: phạt tiền từ 10-20 triệu đối với hành vi chở hàng vượt dưới 5% trọng tải cho phép; phạt tiền từ 20-40 triệu đồng đối với hành vi chở hàng vượt từ 5 đến dưới 10% trọng tải cho phép; nếu tàu thuyền chở hàng vượt từ 10% trở lên so với trọng tải cho phép thì bị phạt từ 40 - 80 triệu đồng. Thanh tra viên hàng hải và Chánh thanh tra hàng hải không được quy định thẩm quyền xử phạt theo quy định tại Nghị định này. Quy định như vậy là để đảm bảo sự phù hợp với các văn bản QPPL có hiệu lực pháp lý cao hơn như Pháp lệnh sửa đổi bổ sung một số điều của Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính 2008 và Luật Thanh tra 2010. Một số điều tại Nghị định 62/2006/NĐ-CP chưa được quy định chi tiết, đầy đủ như vi phạm các quy định về bố trí thuyền viên, cấp và sử dụng chứng chỉ chuyên môn, sổ thuyền viên, hộ chiếu thuyền viên; vi phạm các quy định về điều động và bố trí hoa tiêu hàng hải của tổ chức hoa tiêu và vi phạm quy định trong khi dẫn tàu của hoa tiêu hàng hải đã được quy định bổ sung và chi tiết tại Nghị định này. Nghị định 48/2011/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ 01/9/2011.