Trong khuôn khổ chương trình hành động thực hiện Nghị quyết số 13/NQ-TW ngày 16/01/2012 của Ban Chấp hành TW về xây dựng kết cấu hạ tầng đồng bộ nhằm đưa nước ta cơ bản trở thành nước công nghiệp theo hướng hiện đại vào năm 2020, Bộ GTVT đã ban hành Văn bản số 10418/BGTVT-KHĐT ngày 07/12/2012 giao Cục HHVN nghiên cứu rà soát điều chỉnh các quy hoạch ngành Hàng hải, trong đó có “Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030”.
Cục trưởng Nguyễn Nhật làm việc với UBND tỉnh Khánh Hòa
Để cập nhật các số liệu phát triển kinh tế vùng và các địa phương, phục vụ cho công tác rà soát, điều chỉnh theo quy hoạch đã phê duyệt, ngày 30/7/2013 đoàn công tác của Cục Hàng hải VN do Cục trưởng Nguyễn Nhật dẫn đầu đã có buổi làm việc với UBND tỉnh Khánh Hòa về những nội dung liên quan đến rà soát, điều chỉnh quy hoạch Nhóm cảng biển số 4 và những điều chỉnh tổng thể có liên quan đến các cảng, bến cảng biển trong phạm vi quản lý của tỉnh Khánh Hòa, bao gồm về chức năng cảng, vấn đề di dời cảng, nhu cầu hàng hóa thông qua…
Tiếp và làm việc với đoàn công tác của Cục HHVN có Phó Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa Lê Đức Vinh và đại diện lãnh đạo các Sở GTVT, KHĐT, Ban QL Khu kinh tế Vân Phong, Phó Chủ tịch Huyện đảo Trường Sa, và Chủ tịch Huyện Vạn Ninh. Cục trưởng khảo sát thực địa khu vực xây dựng cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong Cũng trong nội dung của chương trình làm việc, Cục HHVN đã báo cáo với UBND tỉnh Khánh Hòa về việc rà soát, điều chỉnh quy hoạch chi tiết cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong theo chỉ đạo tại Quyết định số 390/QĐ-BGTVT ngày 08/02/2013 của Bộ GTVT; báo cáo sửa đổi, bổ sung vùng nước cảng biển thuộc địa phận tỉnh Khánh Hòa và một số đề xuất liên quan đến hoạt động tìm kiếm cứu nạn của Trung tâm Phối hợp tìm kiếm cứu nạn hàng hải khu vực IV.Khảo sát thực tế trên tàu TKCN của Trung tâm Phối hợp TKCN hàng hải khu vực IV