Ngày 21.6.2011, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 49/2011/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điều 11 Nghị định số 173/2007/NĐ-CP ngày 28/11/2007 của Chính phủ về tổ chức và hoạt động của hoa tiêu hàng hải. Theo quy định tại Nghị định số 49/2011/NĐ-CP, phí hoa tiêu hàng hải là nguồn thu thuộc ngân sách nhà nước, do các công ty hoa tiêu trực tiếp thu phí hoa tiêu hàng hải (thay vì cảng vụ hàng hải thu như quy định tại Nghị định 173/2007/NĐ-CP). Nguồn kinh phí để thanh toán dịch vụ hoa tiêu hàng hải được lấy từ nguồn thu phí hoa tiêu hàng hải và được bổ sung từ nguồn ngân sách nhà nước.
Bộ Giao thông vận tải có trách nhiệm xây dựng, ban hành định mức kinh tế kỹ thuật dịch vụ hoa tiêu hàng hải và tổ chức thực hiện việc đặt hàng cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải trong phạm vi cả nước.
Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Giao thông vận tải hướng dẫn cơ chế đặt hàng cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải, chế độ quản lý thu, nộp và sử dụng phí hoa tiêu hàng hải theo quy định của pháp luật về phí, lệ phí và phù hợp với tình hình thực tế về tổ chức và hoạt động của hoa tiêu hàng hải.
Việc giao cho các công ty hoa tiêu chủ động thu phí hoa tiêu; thống nhất cơ chế đặt hàng cung ứng dịch vụ hoa tiêu và chế độ quản lý thu, nộp, sử dụng phí hoa tiêu hàng hải trong phạm vi cả nước là những điểm mới của Nghị định này nhằm khuyến khích các công ty hoa tiêu hàng hải không ngừng cải tiến chất lượng, nâng cao dịch vụ, đồng thời tạo ra sân chơi bình đẳng giữa các doanh nghiệp hoạt động cung ứng dịch vụ hoa tiêu hàng hải và nâng cao được hiệu quả quản lý nhà nước trong hoạt động hàng hải. Nghị định 49/2011/NĐ-CP có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/9/2011.